Misija Muzeja ratnog djetinjstva je kontinuirano i po najvišim standardima dokumentirati i digitalizirati materijale koji se odnose na odrastanje u ratu, a zatim ih prezentirati kroz različite medije, s ciljem edukacije što šire publike o ovom iskustvu.  Pored toga, Muzej ratnog djetinjstva razvio je edukativne aktivnosti s ciljem podizanja svijesti o važnosti izgradnje svijeta u kojem buduće generacije mogu živjeti u miru. Ove aktivnosti implementiraju se kontinuirano, te godišnje u njima učestvuje više od 5.000 djece. Radionice su pažljivo osmišljene i prilagođene djeci različitih dobnih skupina, počevši od 3. razreda osnovne škole do 4. razreda srednje škole.